Marius Geantă: Avem nevoie urgent de un program de secvențiere genomică în masă, pentru a controla pandemia - Interviu

Marius Geantă: Avem nevoie urgent de un program de secvențiere genomică în masă, pentru a controla pandemia - Interviu

Pentru a controla pandemia de Covid-19, România are nevoie urgent de un program de secvențiere în masă, după modelul aplicat în Marea Britanie și Danemarca, unde consorții formate din specialiști folosesc genomica în sănătatea publică, beneficiile fiind multiple, explică dr. Marius Geantă, președinte și co-fondator al Centrului pentru Inovație în Medicină.

(…)Secvențierea genomică a virusului trebuie să se facă reflex, imediat după testul PCR, pentru 5-10% dintre probele pozitive, conform recomandărilor Comisiei Europene (….) Nu ne mai putem permite să așteptăm o săptămână rezultatele secvențierii unei probe și este inacceptabil să nu dăm valoare informațiilor astfel obținute pentru a lua decizii informate și în timp util, în lupta cu Covid-19”, a subliniat dr. Marius Geantă într-o postare pe Facebook, la scurt timp după ce s-a aflat că ”O mutație ”îngrijorătoare” a tulpinii britanice de Covid a fost depistată în România”.

Mutația E484K, identificată la unele variante SARS-CoV-2 și pe teritoriul României, duce discuția despre supravegherea…

Posted by Marius Geanta on Monday, April 5, 2021
2021 vine cu discounturi de până la 50% la principalele categorii de produse și servicii de care afacerea ta are nevoie. Obține oferta AICI!

Într-un interviu acordat SpotMedia.ro, dr. Marius Geantă detaliază afirmațiile de mai sus și anunță că Centrul pentru Inovație în Medicină propune constituirea unui consorțiu independent care să administreze componenta de secvențiere, componenta de analiză de date și componenta de rapoarte, cele trei mari componente mari într-un astfel de proces, beneficiarul muncii fiind Guvernul, cheltuielile putând fi acoperite din PNRR.

Având precoce aceste informații, poți să adaptezi tot ceea ce înseamnă modalități de control al pandemiei”, subliniază dr. Marius Geantă în interviul acordat SpotMedia.ro.

Foto: Facebook / Marius Geantă
Spot: La cine vă referiți când spuneți ”avem nevoie urgent de un program de supraveghere genomică în sănătatea publică, implementat rapid și în acord cu știința momentului, cu scopul de a controla pandemia Covid-19”? Cine ar trebui să ia decizia și cine să implementeze acel plan?

Noi, Centrul pentru Inovație în Medicină, am publicat un document de poziție. Suntem un ONG, iar poziția noastră se bazează pe informațiile științifice din acest moment. În plus, eu personal în 2012 am fost într-un proiect european exact pe tema aceasta: Cum se folosește genomica în sănătatea publică.

Am formulat o propunere despre cum ar trebui să arate un sistem de secvențiere și de analiză de date provenite din secvențiere, pentru SARS-CoV-2.

Datele sunt de acum o lună, când am publicat noi documentul, iar cifrele s-au mai schimbat de atunci, dar esența a rămas aceeași și azi.

🧬Secvențierea genomului SARS-CoV-2 într-un timp record, la doar o lună de la identificarea primelor cazuri de boală, a…

Posted by Centrul pentru Inovație în Medicină on Wednesday, March 10, 2021

Ideea e că Marea Britanie și Danemarca sunt statele din zona europeană cele mai avansate în materie de secvențiere. Marea Britanie s-a apucat de treabă în martie anul trecut (de  la bun început!) și a reușit să secvențieze cam jumătate din totalul cazurilor secvențiate la nivel mondial.

Când a fost identificată tulpina B.117, ea a fost identificată în Marea Britanie pentru că Marea Britanie avea cea mai mare capacitate de secvențiere. De aceea, noi îi spunem tulpină britanică, însă e posibil ca ea să fi fost în orice altă țară, dar neavând capacitatea de secvențiere, nu a fost pusă în evidență.

Apoi, în momentul în care a apărut semnalul din Marea Britanie, Danemarca a reușit să își crească foarte repede capacitatea și ei au sevențiat toate probele pozitive la nivelul lunilor decembrie- ianuarie și cred că și februarie.

Cele două modele au în comun faptul că au fost constituite niște consorții, care cuprind entitățile relevante din punct de vedere științific din țările respective.

Consorțiile sunt cele care administrează componenta de secvențiere, componenta de analiză de date și componenta de rapoarte (pe baza analizei de date). Sunt trei componente mari în acest proces, iar beneficiarul muncii acestui consorțiu, care e independent, este guvernul țării respective.

Noi am propus ceva asemănător.

Pe componenta de secvențiere e clar că Institutul Matei Balș și Institutul Cantacuzino au o capacitate deja foarte mare de secvențiere și deja fac asta, deci n-ar fi o problemă.

Pe partea de analiză de date există o societate profesională dispusă să se implice într-un astfel de proiect și pe partea de analiză putem fi noi, CIM, pentru că cu asta ne ocupăm, ca organizație non-profit.

Pe lângă asta, e nevoie de universitați în acest consorțiu și de societăți profesionale, cum ar fi cea de Genetică, de Boli Infecțioase ș.a.m.d.

Propunere pentru Guvern: Mobilizați universitățile împotriva pandemiei! Ar putea face secvențieri și prognoze, ar putea educa populația

Spot: Care ar fi programul despre care vorbiți, procedura de lucru?

Dacă am respecta recomandarea Comisiei Europene, ar trebui ca 5-10% dintre probele pozitive să fie secvențiate. S-ar face secvențierea, iar apoi ar urma componenta de share-uire de date într-un portal, împreună cu bazele de date internaționale, și apoi analiza de date.

Pe baza acestei analize și coroborat și cu alte metadate, se pot face rapoartele care pot fi de două feluri: 1) despre cazurile în sine și 2) de sănătate publică.

Aceste rapoarte de sănătate publică devin extrem de importante pentru că, dacă faci secvențiere în masă, poți să ai un semnal precoce despre apariția unor mutații și despre frecvența cu care ele apar.

Noi am avut date consistente despre B.117 abia pe la finalul lunii februarie- începutul lui martie, adică trecuseră cel puțin 2 luni de când tulpina începuse să circule.

Având precoce aceste informații, poți să adaptezi tot ceea ce înseamnă modalități de control al pandemiei. Te uiți la măsurile restrictive, dacă sunt, și le adaptezi, decizi să le crești într-o zonă sau alta, vaccinarea la fel etc.

Pe fiecare dintre paliere acest gen de informație poate să fie relevant.

Atitudinea bizară a României față de noua tulpină britanică a coronavirusului: UE se protejează, Bucureștiul deschide barurile și jocurile de noroc – Interviu cu dr. Octavian Jurma

Dr. Adriana Pistol (INSP): Secvențierea costă 500 de euro. La Școala 28 din Capitală, există clar un focar cu noua tulpină

Spot: Cine ar trebui să ia decizia privind formarea unui astfel de consorțiu și apoi folosirea rapoartelor?

Noi am propus ca acesta să fie unul dintre proiectele din PNRR – Planul național de reformă și reziliență. Sigur, decizia trebuie să o ia Guvernul, pentru că el este beneficiarul muncii unui astfel de consorțiu.

Insist pe ideea de consorțiu și de multidisciplinaritate, și de puncte de vedere ale mai multor tipuri de experți.

Spot: Aveți informații că, dacă s-ar constitui un astfel de consorțiu în România, experții, universitățile s-ar implica?

Da, cel puțin o parte. Dacă ne uităm în zona universitară, în zona societăților profesionale, în zona institutelor care fac secvențiere, există, da, o deschidere.

Eu cred că ar fi nevoie de asumarea unui plan, care trebuie să implice și o componentă de finanțare (dar dacă vorbim despre PNRR, nu cred că finanțarea e o problemă).

Și mai e ceva:

În acest moment, Ministerul Sănătății decontează 1.000 de lei pentru fiecare genom de SARS-CoV-2 secvențiat. În Marea Britanie, unde volumul e clar mai mare, costul per secvențiere a scăzut undeva la 50-60 de lire (sub 350 lei – n.red.). Deci cu cât am crește volumul de lucru, cu atât costul unitar ar fi mai mic.

Și mai important ar fi că am obține, cu atât mai mult, rezultatul dorit mai repede.

Spot: Și am decide mai repede și mai corect măsurile antipandemie. Până acum noi am fost foarte reactivi.

Exact. Adaptarea sistemului de sănătate publică din România față de tulpini este reactivă, exact cum spuneți. Noi avem screeningul pentru varianta B.117, iar eu spun că nu asta trebuie să ne mai intereseze acum, pentru că știm că ea există, de ce s-o mai căutăm?

Trebuie să ne concentrăm pe genul acesta de mutații. Iar aceasta, E484K, apare independent de variantă (varianta din Africa de Sud conține această mutație, cea din Brazilia, la fel). B.117 în unele situații conține mutația respectivă. Dar mutația E484K poate să fie și la alte variante de virus care nu sunt atât de prevalente.

Noi trebuie să fim capabili să identificăm genul acesta de mutații.

SARS-CoV-2 a ajuns un ”supercomputer” biologic creat de noi. Măsurile luate împotriva lui sunt un fel de antibiotic social

Spot: De ce ne îngrijorează atât de tare această mutație E484K?

Ne îngrijorează dacă se asociază cu tulpina B.117, asta e informația care ne atrage nouă atenția acum.

Noi știm despre B.117 că se transmite mai repede și e mai agresivă. Dacă s-ar asocia, într-o anumită proporție, și E484K, acest lucru este asociat cu o scădere a eficacității vaccinurilor, am văzut asta în studii clinice pe vaccinurile Johnson&Johnson și Novavax, unele dintre ele derulate chiar în Africa de Sud.

Spot: Și ce ar însemna asta? Mergând la extrem ar putea însemna să cumpărăm vaccinuri, să vaccinăm oamenii, dar pentru că nu ținem sub control mutațiile și noile tulpini, vaccinarea respectivă să devină inutilă?

E un risc și acesta, dar mai bine haideți să vedem care ar fi avantajele.

Să spunem că am putea să identificăm precoce o astfel de mutație, care apare într-o anumită localitate și că, în urma anchetelor epidemiologice, constatăm că acolo există mai multe cazuri, poate chiar un focar. Dacă avem o campanie de vaccinare activă, noi putem să prioritizăm vaccinarea pentru localitatea respectivă, pentru zona respectivă.

Aici sunt două tipuri de beneficii pe care le aduce vaccinarea, inclusiv în raport cu genul acesta de mutații. În primul rând, vaccinurile pe care le avem pot să producă un volum important de anticorpi, suficient ca să asigure protecție. Pe de altă parte, cele cu doza a treia (cele cu upgrade) vor avea un răspuns imun specific față de tulpini.

De aceea, spun: Important este să știm!

Spot: Și să vrem.

Da, și să vrem.